Em 1977, Santos retorna ao Brasil. Dois anos depois, passa a dar aulas na Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ), de 1979 a 1983, ano em que ingressa por concurso na Universidade de São Paulo (USP), onde se torna professor titular de geografia humana. Sua aposentadoria ocorre em 1997, quando recebe o título de Professor Emérito.