 | 
 Contraste em Salvador
Os clubes baianos viveram noite oposta na Copa do Brasil. O Bahia fez valer o seu favoritismo e enfiou 5 a 0 no Ji-Paraná, avançando para a terceira fase. Ja o Vitória perdeu, mesmo jogando no Barradão, por 2 a 1 para o ABC. O time de Natal se classificou.
Os outros seis jogos da noite, apesar de também serem da segunda fase, abriram os confrontos. Caxias, Maranhão, Nacional-AM e América-RN venceram seus jogos em casa. Os outros duelos (entre Náutico e Goiás e entre Independência e São Raimundo) terminaram empatados.
| Hora | Grupo (I/V) | Jogo | Cidade |
|---|
| 12/4 (quarta-feira) |
|---|
| 18h30 | 41 (I) | Caxias do Sul | 1 x 0 | Sergipe | Caxias |
|---|
| 20h30 | 35 (I) | Maranhão | 2 x 1 | Fortaleza | São Luís |
|---|
| 20h30 | 38 (I) | América-RN | 2 x 1 | Sampaio Corrêa | Natal |
|---|
| 20h30 | 40 (I) | Náutico | 1 x 1 | Goiás | Recife |
|---|
| 20h30 | 34 (V) | Bahia | 5 x 0 | Ji-Paraná | Salvador |
|---|
| 20h30 | 39 (V) | Vitória | 1 x 2 | ABC | Salvador |
|---|
| 21h | 33 (I) | Independência | 1 x 1 | São Raimundo | Rio Branco |
|---|
| 21h30 | 37 (I) | Nacional | 3 x 2 | Remo | Manaus |
|---|
|
Bola cheia | Para os times de Manaus. O São Raimundo conseguiu um bom empate, e o Nacional venceu | 
Bola murcha | Para o desempenho do Vitória. Semifinalista do Brasileiro 99, caiu já na segunda fase desta Copa do Brasil | |
| | |
